Niels Christensen Schytte var søn af sognepræst Christen Madsen Schytte. Han må være født i Brorstrup sogn, men hans fødselstidspunkt er ikke kendt.

Det var på den tid, da Kong Frederik II var konge i Danmark. Fra 1574 til 1584 lod han Kronborg opføre ved Helsingør, og det var i 1500 tallet Nordens største slot.

Ligesom sin far studerede kan teologi og omkring 1583 blev han udnævnt til at være sin fars kapellan ved kirkerne i Brorstrup, Ravnkilde og Haverslev sogne i Aars herred, Aalborg amt, Viborg stift, med udsigt til at blive hans efterfølger som præst. Desuden havde han magistergraden.

Han havde truffet pigen Clara Hansdatter, og med hende blev han gift. Det vides ikke hvem hun var, hvor hun kom fra, eller hvornår hun var født.

Niels og Clara fik i alt 5 børn. Den første søn hed Anders Nielsen Schytte, og han blev født omkring 1583. Han blev senere gift med en Gertrud Henriksdatter, og d. 7. juni 1612 blev han udnævnt som liv- og hoflæge hos enkedronning Sophia, der var Frederik II hustru. De døde begge to af pest i oktober 1631.

Den næste søn hed Christen Nielsen Schytte, og han blev født i 1587. Han blev senere gift i Aalborg d. 30 juli 1631 med Margarethe Dideriksdatter Grubbe, og blev senere "Provinzialmedikus" i Viborg.

Foruden de to sønner, havde de også tre døtre. Kirsten Nielsdatter Schytte, Maren Nielsdatter Schytte og Anne Nielsdatter Schytte. Ingen af de tre døtres fødselstidspunkt er kendt.

Kirsten blev gift med en Mads Nielsen i Brorstrup. Maren blev d. 9. august 1631 gift i Simested med sognepræst Anders Sørensen, der var præst for sognene Simested, Hvam og Hvilsom, og Anne der var gift med en Hans Jensen, der var kapellan i Hvam.

Niels Christensen Schytte døde omkring 1607, og er uden tvivl blevet begravet på Brorstrup kirkegård. Hans hustru Clara Hansdatter, der nu var enke, giftede sig med sin mands efterfølger i præstegerningen, Hans Pedersen Vogelius.

Clara Hansdatter døde omkring 1630 i Brorstrup, og er givet vis blevet begravet på Brorstrup kirkegård.